同調(diào)節(jié)造血細(xì)胞與非造血細(xì)胞的全局翻譯，揭示細(xì)胞類型特異性的翻譯調(diào)控新機(jī)制)
【中文題目】核糖核酸酶抑制劑1RNH1和血管生成素ANG協(xié)同調(diào)控特定類型細(xì)胞的全局翻譯機(jī)制研究【文章題目】Ribonuclease inhibitor and angiogenin system regulates cell type–specific global translation【發(fā)表期刊】Science AdvancesQ1IF 12.5【發(fā)表年份】2024年5月【研究團(tuán)隊(duì)】瑞士伯爾尼大學(xué)醫(yī)院血液科與中央血液學(xué)實(shí)驗(yàn)室、伯爾尼大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究系 Ramanjaneyulu Allam教授團(tuán)隊(duì)【核心技術(shù)】多核糖體圖譜分析Polysome profiling、多核糖體測序Polysome-seq、RNA測序RNA-seq【研究概要】本研究聚焦于核糖核酸酶抑制劑1RNH1和血管生成素ANG協(xié)同調(diào)控造血細(xì)胞與非造血細(xì)胞的全局翻譯。采用人類細(xì)胞系和小鼠模型研究發(fā)現(xiàn)在造血細(xì)胞中RNH1缺失通過抑制核糖體蛋白mRNA的翻譯和mRNA環(huán)化降低全局翻譯而ANG在非造血細(xì)胞中通過增加rRNA合成來補(bǔ)償RNH1缺失導(dǎo)致的翻譯缺陷。這項(xiàng)研究揭示了細(xì)胞類型特異性的翻譯調(diào)節(jié)因子及其介導(dǎo)的翻譯調(diào)控機(jī)制?；虮磉_(dá)是多細(xì)胞生物細(xì)胞表型與功能多樣化的基礎(chǔ)。盡管翻譯是mRNA解碼生成蛋白質(zhì)的必需過程但傳統(tǒng)上被認(rèn)為是缺乏對特定基因表達(dá)直接調(diào)控能力的“默認(rèn)”步驟。然而近年來的研究表明翻譯控制在蛋白質(zhì)合成的精細(xì)調(diào)控及特定基因表達(dá)調(diào)節(jié)中發(fā)揮著重要作用。例如小鼠核糖體蛋白38RPL38基因突變可解除對特定同源盒mRNA的翻譯調(diào)控導(dǎo)致組織特異性發(fā)育缺陷。此外多種核糖體蛋白基因如RPS19、RPL5、RPL11、RPL35A、RPS10、RPS17和RPS24突變均可導(dǎo)致Diamond-Blackfan貧血DBA其臨床表現(xiàn)為骨髓衰竭、貧血及顱面畸形。研究表明DBA貧血表型與部分調(diào)控紅細(xì)胞分化的mRNA翻譯效率下降密切相關(guān)。核糖體蛋白作為核糖體的核心組分幾乎存在于所有細(xì)胞中其基因突變本應(yīng)引起全局性表型但在翻譯缺陷條件下表現(xiàn)出的組織特異性表型機(jī)制尚不完全明確目前已有多種假說仍在討論中。此外盡管特定mRNA的翻譯調(diào)控增加了基因表達(dá)的復(fù)雜性但全局翻譯是否以細(xì)胞類型特異性方式被調(diào)控仍未得到清晰解答。核糖核酸酶抑制劑1RNH1亦稱核糖核酸酶/血管生成素抑制劑是高等脊椎動物特有基因在哺乳動物細(xì)胞中普遍表達(dá)。除抑制核糖核酸酶活性外RNH1還具有多種生物學(xué)功能包括結(jié)合并抑制內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激傳感器IRE1、參與腫瘤生長與轉(zhuǎn)移、調(diào)控tRNA降解、miR-21加工、抑制炎癥小體激活等。此外RNH1作為核糖體相關(guān)蛋白可通過調(diào)控GATA1 mRNA翻譯影響紅細(xì)胞生成其缺失可導(dǎo)致小鼠胚胎紅細(xì)胞發(fā)育異常。人類分子遺傳學(xué)研究進(jìn)一步揭示RNH1基因突變可導(dǎo)致全局發(fā)育遲緩、胚胎死亡、炎癥及大細(xì)胞性貧血等嚴(yán)重表型。這些證據(jù)表明RNH1是一個對哺乳動物生存至關(guān)重要的多功能分子。研究結(jié)果一、RNH1缺失在造血細(xì)胞中導(dǎo)致特異性全局翻譯抑制為探究RNH1的翻譯調(diào)控功能本研究在多種人源細(xì)胞系中建立了RNH1敲除KO模型。多核糖體分析顯示在非造血來源的細(xì)胞HEK293T、HeLa、HaCaT、SH-SY5Y中RNH1缺失未對全局翻譯水平產(chǎn)生顯著影響。然而在造血來源的細(xì)胞K562、THP1、MOLM13、Jurkat中RNH1敲除導(dǎo)致多核糖體水平顯著降低圖1。圖1 RNH1缺失導(dǎo)致造血來源細(xì)胞的特異性全局翻譯抑制這一細(xì)胞水平的現(xiàn)象在RNH1敲除小鼠模型中得到了體內(nèi)驗(yàn)證與體外結(jié)果一致小鼠造血組織脾臟、骨髓來源的細(xì)胞呈現(xiàn)顯著的全局翻譯缺陷而肝臟細(xì)胞則未受影響圖2。以上結(jié)果首次揭示了RNH1在哺乳動物造血細(xì)胞中發(fā)揮細(xì)胞類型特異性的全局翻譯調(diào)控作用。圖2 RNH1缺失導(dǎo)致小鼠造血組織的特異性全局翻譯降低二、RNH1通過影響核糖體蛋白mRNA翻譯與mRNA環(huán)化調(diào)控全局翻譯為闡明RNH1調(diào)控翻譯的分子機(jī)制本研究結(jié)合Polysome-seq與RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)RNH1缺失并未改變核糖體蛋白RPmRNA的總表達(dá)水平但導(dǎo)致其翻譯效率顯著下降。Western Blot結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)在RNH1敲除的造血細(xì)胞及小鼠造血組織中代表性核糖體蛋白RPS19與RPS3的蛋白水平呈特異性降低圖3。上述結(jié)果表明RNH1通過調(diào)控RP mRNA的翻譯來影響全局蛋白質(zhì)合成。圖3 RNH1參與核糖體蛋白mRNA的翻譯調(diào)控進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)RNH1缺失并未影響mTOR通路活性及eIF2α的磷酸化水平提示RNH1并非通過上述經(jīng)典翻譯調(diào)控通路發(fā)揮作用。機(jī)制研究顯示RNH1可與多聚腺苷酸結(jié)合蛋白PABP發(fā)生相互作用。RNH1的缺失減弱了PABP與翻譯起始因子eIF4G的結(jié)合從而影響mRNA的環(huán)化及翻譯起始效率圖4。盡管如此RNH1缺失在非造血細(xì)胞中未造成顯著的翻譯缺陷提示可能存在獨(dú)立的補(bǔ)償機(jī)制。圖4 RNH1與PABP相互作用促進(jìn)mRNA環(huán)化三、非造血細(xì)胞中ANG通過增強(qiáng)rRNA合成補(bǔ)償RNH1缺失所致的翻譯缺陷鑒于上述現(xiàn)象本研究推測非造血細(xì)胞中存在針對RNH1缺失的特異性補(bǔ)償機(jī)制。通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析及Western Blot驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)血管生成素ANG在非造血細(xì)胞中表達(dá)水平較高而在造血細(xì)胞中近乎不表達(dá)。RNH1缺失可進(jìn)一步上調(diào)非造血細(xì)胞中ANG的表達(dá)并促進(jìn)其向細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)移圖5。圖5 在非造血細(xì)胞中RNH1缺失促進(jìn)ANG的表達(dá)及其入核功能實(shí)驗(yàn)表明在非造血細(xì)胞中ANG通過增強(qiáng)核糖體RNArRNA的合成有效代償了因RNH1缺失引發(fā)的翻譯缺陷從而維持了全局翻譯穩(wěn)態(tài)圖6。這一機(jī)制合理地解釋了RNH1缺失為何在非造血細(xì)胞中不引起顯著的翻譯表型。圖6 在非造血細(xì)胞中ANG補(bǔ)償了因RNH1缺失導(dǎo)致的翻譯缺陷本文小結(jié)本研究揭示了RNH1與ANG系統(tǒng)在調(diào)控細(xì)胞類型特異性全局翻譯中的協(xié)同作用RNH1在造血細(xì)胞中通過調(diào)控RP mRNA翻譯及mRNA環(huán)化維持翻譯穩(wěn)態(tài)而在非造血細(xì)胞中ANG則通過促進(jìn)rRNA合成發(fā)揮代償功能。此外RNH1缺失可導(dǎo)致小鼠胚胎紅細(xì)胞生成障礙及貧血與人類RNH1基因突變所致的貧血表型一致表明RNH1在造血系統(tǒng)中具有重要的生理功能。RNH1與ANG均為脊椎動物特有基因提示在進(jìn)化過程中脊椎動物可能獲得了更為精細(xì)的翻譯調(diào)控機(jī)制以適應(yīng)復(fù)雜細(xì)胞類型的特異性功能需求。上述發(fā)現(xiàn)不僅深化了對細(xì)胞特異性翻譯調(diào)控機(jī)制的理解也為翻譯失調(diào)相關(guān)疾病如核糖體病、癌癥及神經(jīng)退行性疾病提供了潛在的新型研究靶點(diǎn)。參考文獻(xiàn)Stillinovic M, Sarangdhar MA, Andina N, Tardivel A, Greub F, Bombaci G, Ansermet C, Zatti M, Saha D, Xiong J, Sagae T, Yokogawa M, Osawa M, Heller M, Keogh A, Keller I, Angelillo-Scherrer A, Allam R. Ribonuclease inhibitor and angiogenin system regulates cell type-specific global translation. Sci Adv. 2024 May 31;10(22):eadl0320.下載鏈接https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11141627/ Polysome-seq文章解讀 | RNH1-ANG協(xié)同調(diào)節(jié)造血細(xì)胞與非造血細(xì)胞的全局翻譯，揭示細(xì)胞類型特異性的翻譯調(diào)控新機(jī)制
【中文題目】核糖核酸酶抑制劑1RNH1和血管生成素ANG協(xié)同調(diào)控特定類型細(xì)胞的全局翻譯機(jī)制研究【文章題目】Ribonuclease inhibitor and angiogenin system regulates cell type–specific global translation【發(fā)表期刊】Science AdvancesQ1IF 12.5【發(fā)表年份】2024年5月【研究團(tuán)隊(duì)】瑞士伯爾尼大學(xué)醫(yī)院血液科與中央血液學(xué)實(shí)驗(yàn)室、伯爾尼大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究系 Ramanjaneyulu Allam教授團(tuán)隊(duì)【核心技術(shù)】多核糖體圖譜分析Polysome profiling、多核糖體測序Polysome-seq、RNA測序RNA-seq【研究概要】本研究聚焦于核糖核酸酶抑制劑1RNH1和血管生成素ANG協(xié)同調(diào)控造血細(xì)胞與非造血細(xì)胞的全局翻譯。采用人類細(xì)胞系和小鼠模型研究發(fā)現(xiàn)在造血細(xì)胞中RNH1缺失通過抑制核糖體蛋白mRNA的翻譯和mRNA環(huán)化降低全局翻譯而ANG在非造血細(xì)胞中通過增加rRNA合成來補(bǔ)償RNH1缺失導(dǎo)致的翻譯缺陷。這項(xiàng)研究揭示了細(xì)胞類型特異性的翻譯調(diào)節(jié)因子及其介導(dǎo)的翻譯調(diào)控機(jī)制?；虮磉_(dá)是多細(xì)胞生物細(xì)胞表型與功能多樣化的基礎(chǔ)。盡管翻譯是mRNA解碼生成蛋白質(zhì)的必需過程但傳統(tǒng)上被認(rèn)為是缺乏對特定基因表達(dá)直接調(diào)控能力的“默認(rèn)”步驟。然而近年來的研究表明翻譯控制在蛋白質(zhì)合成的精細(xì)調(diào)控及特定基因表達(dá)調(diào)節(jié)中發(fā)揮著重要作用。例如小鼠核糖體蛋白38RPL38基因突變可解除對特定同源盒mRNA的翻譯調(diào)控導(dǎo)致組織特異性發(fā)育缺陷。此外多種核糖體蛋白基因如RPS19、RPL5、RPL11、RPL35A、RPS10、RPS17和RPS24突變均可導(dǎo)致Diamond-Blackfan貧血DBA其臨床表現(xiàn)為骨髓衰竭、貧血及顱面畸形。研究表明DBA貧血表型與部分調(diào)控紅細(xì)胞分化的mRNA翻譯效率下降密切相關(guān)。核糖體蛋白作為核糖體的核心組分幾乎存在于所有細(xì)胞中其基因突變本應(yīng)引起全局性表型但在翻譯缺陷條件下表現(xiàn)出的組織特異性表型機(jī)制尚不完全明確目前已有多種假說仍在討論中。此外盡管特定mRNA的翻譯調(diào)控增加了基因表達(dá)的復(fù)雜性但全局翻譯是否以細(xì)胞類型特異性方式被調(diào)控仍未得到清晰解答。核糖核酸酶抑制劑1RNH1亦稱核糖核酸酶/血管生成素抑制劑是高等脊椎動物特有基因在哺乳動物細(xì)胞中普遍表達(dá)。除抑制核糖核酸酶活性外RNH1還具有多種生物學(xué)功能包括結(jié)合并抑制內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激傳感器IRE1、參與腫瘤生長與轉(zhuǎn)移、調(diào)控tRNA降解、miR-21加工、抑制炎癥小體激活等。此外RNH1作為核糖體相關(guān)蛋白可通過調(diào)控GATA1 mRNA翻譯影響紅細(xì)胞生成其缺失可導(dǎo)致小鼠胚胎紅細(xì)胞發(fā)育異常。人類分子遺傳學(xué)研究進(jìn)一步揭示RNH1基因突變可導(dǎo)致全局發(fā)育遲緩、胚胎死亡、炎癥及大細(xì)胞性貧血等嚴(yán)重表型。這些證據(jù)表明RNH1是一個對哺乳動物生存至關(guān)重要的多功能分子。研究結(jié)果一、RNH1缺失在造血細(xì)胞中導(dǎo)致特異性全局翻譯抑制為探究RNH1的翻譯調(diào)控功能本研究在多種人源細(xì)胞系中建立了RNH1敲除KO模型。多核糖體分析顯示在非造血來源的細(xì)胞HEK293T、HeLa、HaCaT、SH-SY5Y中RNH1缺失未對全局翻譯水平產(chǎn)生顯著影響。然而在造血來源的細(xì)胞K562、THP1、MOLM13、Jurkat中RNH1敲除導(dǎo)致多核糖體水平顯著降低圖1。圖1 RNH1缺失導(dǎo)致造血來源細(xì)胞的特異性全局翻譯抑制這一細(xì)胞水平的現(xiàn)象在RNH1敲除小鼠模型中得到了體內(nèi)驗(yàn)證與體外結(jié)果一致小鼠造血組織脾臟、骨髓來源的細(xì)胞呈現(xiàn)顯著的全局翻譯缺陷而肝臟細(xì)胞則未受影響圖2。以上結(jié)果首次揭示了RNH1在哺乳動物造血細(xì)胞中發(fā)揮細(xì)胞類型特異性的全局翻譯調(diào)控作用。圖2 RNH1缺失導(dǎo)致小鼠造血組織的特異性全局翻譯降低二、RNH1通過影響核糖體蛋白mRNA翻譯與mRNA環(huán)化調(diào)控全局翻譯為闡明RNH1調(diào)控翻譯的分子機(jī)制本研究結(jié)合Polysome-seq與RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)RNH1缺失并未改變核糖體蛋白RPmRNA的總表達(dá)水平但導(dǎo)致其翻譯效率顯著下降。Western Blot結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)在RNH1敲除的造血細(xì)胞及小鼠造血組織中代表性核糖體蛋白RPS19與RPS3的蛋白水平呈特異性降低圖3。上述結(jié)果表明RNH1通過調(diào)控RP mRNA的翻譯來影響全局蛋白質(zhì)合成。圖3 RNH1參與核糖體蛋白mRNA的翻譯調(diào)控進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)RNH1缺失并未影響mTOR通路活性及eIF2α的磷酸化水平提示RNH1并非通過上述經(jīng)典翻譯調(diào)控通路發(fā)揮作用。機(jī)制研究顯示RNH1可與多聚腺苷酸結(jié)合蛋白PABP發(fā)生相互作用。RNH1的缺失減弱了PABP與翻譯起始因子eIF4G的結(jié)合從而影響mRNA的環(huán)化及翻譯起始效率圖4。盡管如此RNH1缺失在非造血細(xì)胞中未造成顯著的翻譯缺陷提示可能存在獨(dú)立的補(bǔ)償機(jī)制。圖4 RNH1與PABP相互作用促進(jìn)mRNA環(huán)化三、非造血細(xì)胞中ANG通過增強(qiáng)rRNA合成補(bǔ)償RNH1缺失所致的翻譯缺陷鑒于上述現(xiàn)象本研究推測非造血細(xì)胞中存在針對RNH1缺失的特異性補(bǔ)償機(jī)制。通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析及Western Blot驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)血管生成素ANG在非造血細(xì)胞中表達(dá)水平較高而在造血細(xì)胞中近乎不表達(dá)。RNH1缺失可進(jìn)一步上調(diào)非造血細(xì)胞中ANG的表達(dá)并促進(jìn)其向細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)移圖5。圖5 在非造血細(xì)胞中RNH1缺失促進(jìn)ANG的表達(dá)及其入核功能實(shí)驗(yàn)表明在非造血細(xì)胞中ANG通過增強(qiáng)核糖體RNArRNA的合成有效代償了因RNH1缺失引發(fā)的翻譯缺陷從而維持了全局翻譯穩(wěn)態(tài)圖6。這一機(jī)制合理地解釋了RNH1缺失為何在非造血細(xì)胞中不引起顯著的翻譯表型。圖6 在非造血細(xì)胞中ANG補(bǔ)償了因RNH1缺失導(dǎo)致的翻譯缺陷本文小結(jié)本研究揭示了RNH1與ANG系統(tǒng)在調(diào)控細(xì)胞類型特異性全局翻譯中的協(xié)同作用RNH1在造血細(xì)胞中通過調(diào)控RP mRNA翻譯及mRNA環(huán)化維持翻譯穩(wěn)態(tài)而在非造血細(xì)胞中ANG則通過促進(jìn)rRNA合成發(fā)揮代償功能。此外RNH1缺失可導(dǎo)致小鼠胚胎紅細(xì)胞生成障礙及貧血與人類RNH1基因突變所致的貧血表型一致表明RNH1在造血系統(tǒng)中具有重要的生理功能。RNH1與ANG均為脊椎動物特有基因提示在進(jìn)化過程中脊椎動物可能獲得了更為精細(xì)的翻譯調(diào)控機(jī)制以適應(yīng)復(fù)雜細(xì)胞類型的特異性功能需求。上述發(fā)現(xiàn)不僅深化了對細(xì)胞特異性翻譯調(diào)控機(jī)制的理解也為翻譯失調(diào)相關(guān)疾病如核糖體病、癌癥及神經(jīng)退行性疾病提供了潛在的新型研究靶點(diǎn)。參考文獻(xiàn)Stillinovic M, Sarangdhar MA, Andina N, Tardivel A, Greub F, Bombaci G, Ansermet C, Zatti M, Saha D, Xiong J, Sagae T, Yokogawa M, Osawa M, Heller M, Keogh A, Keller I, Angelillo-Scherrer A, Allam R. Ribonuclease inhibitor and angiogenin system regulates cell type-specific global translation. Sci Adv. 2024 May 31;10(22):eadl0320.下載鏈接https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11141627/